Google Analyticsで"/" と "/index.html"を同じページとしてカウントさせる

 これは、設定でどうにかなります。
http://www.google.com/support/googleanalytics/bin/answer.py?answer=55608&topic=11046

1. [Analytics 設定] リンクをクリックします。
2. [ウェブサイトのプロファイル] リストで、修正するプロファイルの [編集] をクリックします。
3. [メインのウェブ サイト プロファイル情報] の横にある [編集] ボタンをクリックします。
4. [デフォルトのページ] テキスト ボックスに、このサイトのデフォルト ページまたはインデックス ページを入力します。 ここで設定するファイル名は、ユーザーがサイトのドメイン名のみをアドレス バーに入力した際に表示されるページのファイル名です。 たとえば、www.example.co.jp と入力した際に index.html が表示される場合は、このテキスト ボックスに「index.html」と入力します。
5. デフォルト ページの設定を保存する場合は [変更を保存] をクリックし、保存せずに終了する場合は [キャンセル] をクリックします。

といった具合に普通にヘルプに書いてあるので、これがやりたくて、ヘルプより前にこのページを見てくれた人は、とりあえずヘルプを調べる、という癖をつけたほうがいいですよ。